En un sentido amplio de la palabra, hace referencia a todo tribunal religioso que investiga y castigo delitos contra su fe.
En la época medieval existió una cierta Inquisición en el sur de Francia y el norte de Italia, e incluso en la Corona de Aragón, aunque la Inquisición Española (Católica) pertenece ya a la Edad Moderna, pues fue fundada por los Reyes Católicos en 1478. Esta Inquisición sólo tenía competencia sobre los bautizados, por lo que no actuó nunca sobre los indígenas de América ni los creyentes de otras religiones.
Son muchas las cuestiones polémicas, los mitos y hasta la leyenda negra que rodean a estas instituciones, principalmente relativos a su trabajo censurando publicaciones heréticas y a las condenas que se aplicaban a los herejes.
Los castigos eran de muchos tipos, y existía la posibilidad -en una minoría de casos en las que no había arrepentimiento- de ser condenado a muerte, pena que ejecutaban siempre los poderes públicos y no la Iglesia. A lo largo de su historia los estudios académicos hablan de un 2% de torturados y condenados a muerte, de un total de unas 150 000 personas procesadas (según García Cárcel y Stephen Haliczer).
En cuanto a censura, la Inquisición elaboró amplios listados de libros prohibidos por no respetar la ortodoxia religiosa, incluyendo obras que luego fueron aceptadas e incluso cuyos autores fueron posteriormente considerados santos. Sin embargo, historiadores como Henry Kamen duda de que se pudiera ejercer semejante control en la práctica y con el paso del tiempo la censura civil, más laxa, acabó imponiéndose.